所有物質在經過高溫、低溫的改變，品質多少都會受到影響，母乳當然也不例外，尤其要特別注意解凍的處理，確保寶寶能夠喝到品質較好的母乳。
母乳在冰凍後體積會膨脹，所以在冰凍母乳前，將母乳放入集乳袋或奶瓶時，注意不要裝得太滿，否則集乳袋可能會破裂，奶瓶壓力過大也會有裂掉的可能。有些母乳在經過冰凍後，會出現腥味或氣味改變，這種情況不是變質，只要寶寶願意喝，沒有排斥改變後的味道，還是可以讓寶寶繼續喝。
如果把冷凍的母乳放在雪櫃中慢慢解凍，變味情況會更加明顯。這個問題其實很難解決，因為要破壞母乳中蛋白質、脂肪酶的結構，才能夠消除氣味，但母乳一旦經過高溫這個步驟，奶水中的活菌也會一起遭到破壞，所以要解決母乳冷凍後的變味問題，最簡單的方式就是避免冷凍。另一個減少腥味的方式是在流動的溫水下快速解凍，藉此縮短解凍時間也可以減少腥味。
由於母奶在平放的狀態下，都會有油水分離的情況，注意只要輕輕搖晃母乳即可。溫奶建議使用攝氏55度以下的水溫，若溫度過高，就會連帶著把好菌消滅，且解凍後的母乳不可以再放入冰箱回凍，因為抗體會變少、抑菌能力也會變差，所以在解凍後24小時內就要喝完，也不能再次冰存。
